2.png)
Email the author 
Karakterisasi Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA Nematoda Pucuk Putih (Aphelenchoides besseyi Christie)
Abstract
Aphelenchoides besseyi merupakan nematoda parasit tumbuhan penting pada padi dan dapat menyebabkan kehilangan hasil hingga 54%. Informasi mengenai nematoda A. besseyi di Indonesia masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi A. besseyi berdasarkan daerah ITS dan menganalisis runutan nukleotida dari daerah ITS. Nematoda A. besseyi diekstraksi dari 6 g benih dari tujuh varietas padi, yaitu Ciherang, Gondo Roso, Hibrida Prima, Inpari Sidenuk, Pertiwi, Pandan Wangi, dan Sintanur. Ekstraksi nematoda dilakukan dengan metode Corong Baermann yang telah dimodifikasi. Identifikasi molekuler dengan PCR mengamplifikasi wilayah ITS menggunakan pasangan primer spesifik forward (5’-ACA ATC GAG TTG GGA GTG-3’) dan reverse (5’-GGT CAG TGT CAT CAA TCG-3’). Hasil amplifikasi DNA A. besseyi diperoleh fragmen berukuran sekitar ±750 bp. Hasil analisis penyejajaran diperoleh 555 nukleotida. Isolat A. besseyi asal Indonesia varietas Inpari Sidenuk, Ciherang, Hibrida Prima, dan Pandan Wangi menunjukkan homologi nukleotida 100% dengan isolat asal Cina dan Rusia, serta varietas Sintanur, Pertiwi, dan Gondo Roso memiliki homologi 100% dengan isolat asal India. Perbandingan homologi isolat asal Indonesia dengan outgroup isolat A. primadentus asal Iran menunjukkan kemiripan nukleotida 74.4%. Perbedaan runutan nukleotida antar isolat terletak pada posisi 216, 376, dan 448. Hal tersebut menunjukkan isolat asal Indonesia memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dan berkerabat sangat dekat dengan isolat asal Cina, Rusia, dan India.
Kata kunci: analisis filogenetika, analisis penyejajaran, homologiKeywords
Full Text:
Full Text (Bahasa Indonesia)References
Dharmayanti, N.L.P.I. 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme. Wartazoa. 21(30): 1-10.
Doyle, J.J., J.L. Doyle. 1990. A Rapid Total DNA Preparation Procedure for Fresh Plant Tissue. Focus. 12:13-15.
Elford, S.L., W.D. Stainsfield. 2007. Genetika. Damaringtyas, penerjemah. Jakarta. Erlangga.
European and Mediterranean Plant Protection Organization. 2005. Pest Rial Analysis Aphelenchoides besseyi Christie on Rice (Oryza sativa L.). Italy. Rise Researh Centre.
Gomes, E.A., M.C. Kasaya, E.G. deBarros, A.C. Borgs, E.F. Araujo. 2002. Polymorphism in The Internal Transcribed Spacer (ITS) of The Ribosomal DNA of 26 Isolates of Ectomycorrhizal Fungi. Genet Mol Biol. 25(4):477-483.
Hall, T.A. 1999. Bioedit: a User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysisprogram For Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symp. Ser. 41:95-98.
Hidayat, T., A. Pancoro. 2008. Kajian Filogenetika Molekuler dan Peranannya dalam Menyediakan Informasi Dasar untuk Meningkatkan Kualitas Sumber Genetik Anggrek. J ArgoBiogen. 4(1):35-40.
Kementerian Pertanian Republik Indonesia. 2015. Peraturan Menteri Pertanian Nomor 51/Permentan/KR.010/9/2015. Jakarta. Kementan.
Kementerian Pertanian Republik Indonesia. 2018. Peraturan Menteri Pertanian Nomor 31/Permentan/KR.010/7/2018. Jakarta. Kementan.
Khan, M.R., Z.A. Handoo, U Rao, S.B. Rao, J.S. Prasad. 2012. Observations on The Foliar Nematode, Aphelenchoides besseyi, Infecting Tuberose and Rice in India. J Nematol. 44(4):391-398.
Kurniawati, F., Supramana. 2016. Tingkat Infestasi Aphelenchoides besseyi pada Benih Padi di Bogor. Jurnal Fitopatol Indones. 12 (1): 34-37. Doi 10.14692/jfi.12.1.34.
National Center for Biotechnology Information. 2014. Basic Local Alignment Search Tool. [Internet]. [Diakses 2015 Mei 20]. Tersedia pada: http://www.nbci.nlm.nih.gov/BLAST.
O'Brien, H.E., J.L. Parrent, J.A. Jackson, J.M. Moncalvo, & R. Vilgalys. 2005. Fungal Communities' Analysis by Large-Scale Sequencing of Environmental Samples. Environ Microbiol 71: 5544-5550.
Remeeus, P.M., N. Pelazza. 2014. Detection of Aphelenchoides besseyi on Oryza sativa. Di dalam: B. Kaufman, R. El-Khadem, P. Muschick, & J. Taylor, editor. International Rules of Seed Testin. Bassersdorf. ISTA.
Sofro, A.S.M. 1994. Keanekaragaman Genetik. Yogyakarta. Andi Offset.
Vrain, T.C., D.G. McNamara. 1994. Potential for Identification of Quarantine Nematodes by PCR. EPPO Bulletin. 24:453-458
DOI: https://doi.org/10.21107/agrovigor.v12i1.5085
Refbacks
- There are currently no refbacks.
Copyright (c) 2019 Ade Indra Maulana Sembiring, Fitrianingrum Kurniawati, Supramana Supramana
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License